По оценке Зернового союза, доля контрафактных и фальсифицированных семян на российском рынке составляет не менее 15% от общего объема предложения. Это системный риск, а не побочный эффект. Квоты создают дефицит сертифицированных семян, который заполняется теневым рынком.

Основные механизмы контрафакта: подмена сорта или гибрида, фальсификация всхожести, подмена репродукции, фальсификация генетической чистоты. Наибольшая доля контрафакта приходится на подсолнечник, рапс и кукурузу, где визуально различить семена сложно.

Контрафакт наносит экономический ущерб аграриям, оцениваемый в 120-180 млрд рублей ежегодно. Снижение урожайности при высеве фальсифицированных семян подсолнечника и рапса достигает 15-30%. Проблема прослеживаемости усугубляется тем, что до 40% партий семян не имеют цифровой маркировки.